Мы хотим оплатить свободный доступ к информации организации. Но оплачивать будет другая организация. Возможно ли это?

Никаких проблем нет. При выписке счета на сайте вы можете изменить реквизиты плательщика. Не забудьте в уведомлении о платеже также указать - на какую организацию должны быть оформлены документы.